Эмомали Рахмон родился 5 октября 1952 года в Дангаринском районе Республики Таджикистан в семье дехканина.
Трудовую деятельность начал в 1969 году после окончания профессионально-технического училища №40 города Калининабад (ныне – Сарбанд), в качестве мастера-электрика Курган-тюбинского маслозавода.
В 1971-1974 годах проходил военную службу на Тихоокеанском флоте. После демобилизации поступил на работу в совхоз имени Ленина Дангаринского района.
В 1982 году закончил экономический факультет Таджикского национального университета.
В 1976-1987 годах занимал должности секретаря правления и председателя профсоюзного комитета совхоза имени Ленина Дангаринского района. Затем работал в партийных органах.
С 1987 по 1992 год являлся директором совхоза имени Ленина Дангаринского района.
В 1990 году Эмомали Рахмон избирается народным депутатом Верховного Совета Республики Таджикистан XII созыва.
Осенью 1992 года он избирается Председателем Исполнительного комитета Совета народных депутатов Кулябской области.
19 ноября 1992 года на XVI сессии Верховного Совета Республики Таджикистан Эмомали Рахмон избирается Председателем Верховного Совета Республики Таджикистан.
6 ноября 1994 года Эмомали Рахмон всенародным голосованием избирается Президентом Республики Таджикистан.
6 ноября 1999 года на альтернативной основе и всенародным голосованием Эмомали Рахмон переизбирается на пост Президента Республики Таджикистан на семилетний срок.
6 ноября 2006 года в результате свободных, прозрачных и демократичных выборов, прошедших на альтернативной основе, Эмомали Рахмон всенародным голосованием был в третий раз избран на пост Президента Республики Таджикистан на семилетний срок.
6 ноября 2013 года Эмомали Рахмон, набрав 84,23% голосов избирателей, одержал победу на очередных выборах Президента Республики Таджикистан.
Является Героем Таджикистана (с 1999 года).
Женат, имеет девять детей.